depois de um bom tempo sem poder sair da cama, conseguiu melhorar , mas ao levantar-se , sentiu que não era mais o mesmo.
Profundas mudanças haviam ocorrido com ele internamente e embora sua vida tivesse retomado ao normal, não via mais prazeres nas atividades que realizava antes.
começou a sentir que alguns prazeres eram apenas terrenos e começava a sentir falta de algo mais profundo.
Nessa época juntou-se ao exército que o Conde Gentile de Assis organizara para ajudar a o Papa Inocêncio III na defesa dos interesses da igreja. Antes de partir, cedeu suas vestes de guerra a um amigo mais pobre, num gesto de generosidade. Teve então um estranho sonho, onde viu um castelo cheio de armas designadas a ele e seus companheiros , mas não entendeu o que esse sonho queria dizer.
chegando à cidade de Spoleto, outro sonho se fez presente onde Deus lhe questionava a quem ele, Francisco queria servir aos servos ou a Deus?
Ele rapidamente disse que queria servir a Deus e este lhe disse em sonho para retornar a Assis.
E assim, o fez, contrariando à seu pai e amigos, mas buscando descobrir qual seria sua missão para Deus.
Passou então a orar e a meditar muito, em busca de respostas. viajou a Roma, no ano de 1205 e fez uma visita à tumba do Apóstolo Pedro e ficou indignado ao ver as esmolas que eram ali jogadas. Ele jogou um punhado de moedas de ouro , trocou suas vestes com as de um mendigo e assim teve sua primeira vivência na pobreza.
Retornou à sua casa em Assis e se recolheu em oração e meditação.
